노무현재단은 논평에서 “이번 무죄판결은 정치검찰에 대한 유죄 선고다. 정치검찰에 조종(弔鐘)이 울렸다. ‘한명숙 죽이기’를 위한 정치검찰의 추악한 공작이었음이 만천하에 드러났다. 이제 법정에 서야 할 피고는 정치공작을 벌인 정치검찰”이라며 이 같이 밝혔다.
재단 측은 “우리는 노무현 대통령을 죽음으로 몰았던 정치검찰의 표적수사를 아직도 잊지 않고 있다. 그런 검찰이 사죄는커녕 한 전 총리에게 정치수사의 칼끝을 겨누어 기소하고, 이것이 무죄로 판결되자 다시 별건으로 공작수사를 벌이더니 이 또한 무죄 판결로 역사의 심판을 받았다”면서 “이제 검찰개혁을 서둘러야 한다”고 강조했다.
그러면서 “첫 단추는 한명숙 전 총리에 대한 추악한 표적수사에 대한 책임을 묻는 데서 출발해야 한다”며 “법과 정의를 지켜야 할 기관이 법치를 유린한 두 번의 사태에 대해 검찰은 엄중한 책임을 져야 마땅하다”고 주장했다.
또한 “이명박 대통령은 추악한 공작수사를 지휘한 법무장관과 검찰총장을 당장 해임하고, 국민에게 사과하라”고 촉구했다.